Se desarrolla el clima subtropical sin estación seca, lo que convierte a Misiones en una de las provincias más húmedas del país. Los vientos predominantes son los del nordeste, sudeste y este. La vegetación es la llamada selva misionera. Parte de ella ha sido transformada por el hombre para implantar cultivos o ganadería. El bioma original se encuentra protegido en el Parque Nacional Iguazú y otros parques y reservas provinciales.