Antigua tierra de guaraníes, Eldorado debe su nombre a la leyenda que en la época de la colonización intentaba alejar a los europeos de las riquezas, haciendo referencia a la existencia de una comarca donde se conservaban los tesoros.
En un principio los conquistadores intentaron imponerse por la fuerza, pero la resistencia de los aborígenes los condujo a cambiar de estrategia, dando lugar a la catequización de los nativos por parte de la Compañía de Jesús. Esto ocurría en el Siglo XVII, ya en el Siglo XVIII los jesuitas fueron expulsados de las tierras misioneras, quizás a causa del éxito de su tarea.

La fundación de Eldorado llegaría mucho tiempo después, fomentada por la Ley de Inmigración y Colonización que el Presidente Nicolás Avellaneda promulgara en 1876. Eldorado Colonización y Explotación de Bosques Ltda. S.A. de Adolf Schwelm fue una de las tantas compañías colonizadoras creadas en cumplimiento de aquella ley, dando nacimiento en septiembre de 1919 a la localidad de Eldorado, Misiones, con puerto sobre el Alto Paraná.